上海交通大学马克思主义学院工会成立于2009年11月，是截止到2020年初为止，上海交通大学工会（成立于 1950 年 4 月）近60个二级工会组织之一。截止到2021 年 9月底，学院共有在职工会会员100余人。院工会下设女工委员（王金凤）、宣传委员（沈辛成）、生活委员（张敏芳）、文体委员（洪亮），工会主席高福进，学院分管领导杜夏明。目前，学院工会活动场所包括：教工小家(B402)、妈咪小屋(B450)、文体活动室（B408）。

近年来，学院工会在上海交通大学工会及学院党委的指导下，深入贯彻落实习近平新时代中国特色社会主义思想和中国工会十七大精神，切实履行参与、维护、建设、教育四项基本职能，把竭诚为教职工服务作为工会一切工作的出发点和落脚点，全心全意为广大教职工服务，让教职工真正感受到工会是“职工之家”，工会干部是可信赖的“娘家人”。学院工会坚持服务大局，服务基层、服务群众，认真履行工会组织的职责，努力为教职工办实事，在维护教职工合法权益、促进学校民主管理以及推动师德师风等方面展开富有成效的工作。