科学史与科学文化研究院前身是科学史与科学哲学系，创立于1999年，是中国高校第一家设立科学史与科学哲学系的单位，为中国科学技术史学科的建制化迈出了重要的一步。自1999年创立之初就开始在物理学名下招收博士生，2005年交大自设物理学史博士点，2011年自设科学技术史博士点，2015年成功获批科学技术史一级学科博士点，2019年获批设立科学技术史一级学科博士后流动站。上海交通大学科学技术史学科于2012年被评为上海市一流学科（B类），并在教育部第三、第四轮学科评估中位列全国第三名。目前本学科点有四个二级学科方向：天文学史；数学史；科技与社会；技术史。目前本学院拥有科学技术史一级学科博士点，以及科学技术史与科学技术哲学两个硕士点，师资力量雄厚。

 上海交通大学科学史与科学文化研究院是国内科技史人才培养与成果产出的重要基地，长期坚持国际化办学，与国际学术同行机构如德国马普科学史研究所、英国剑桥李约瑟研究所、京都大学科学史系等，长期保持着密切的学术交流，在学界享有卓越的学术声誉。